V prostredí Windows sa MySQL 5 štandardne snaží nainštalovať do adresára C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.0\. Po inštalácii sú dátové súbory (okrem InnoDB) umiestnené v adresári C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.0\Data\.

Ak by ste ich potrebovali premiestniť, postup je jednoduchý. Server je potrebné stopnúť, otvoriť konfiguračný súbor my.ini a zmeniť riadok

datadir="C:/Program Files/MySQL Server 5.0/Data/"

napríkla na

datadir="C:/Data/MySQL/"

Obsah pôvodného adresára je potrebné presunúť na nové miesto a server opätovne naštartovať.