Verzia mysql-5.0.51a-winx64 má problém s inštaláciou na Windows Vista, resp. nie je možné spustiť konfigurátor. Vyhadzuje nasledujúce hlásenie:

The application has failed to start because its side-by-side configuration is incorrect. Please see the application event log for more detail.

Najjednoduchším riešením je inštalácia verzie 5.0.45, resp. 5.1 (tá je zatiaľ iba RC).

Iné riešenie je založené na použití nástroja Resource Hacker. Viac info v príspevku MySQL Server 5.0.51a Installation guide for Windows Vista.